税制改革以来，出口退税政策多次变动完善，形成了现行生产企业自营（委托）出口与外贸出口不同退税方式的局面。试根据生产企业自营（委托）出口与外贸出口计算出口退税差异，分析其对税收有关方面的影响。
现行外贸企业出口货物应退增值税税额，依进项税额计算，具体计算公式为:应退税额=出口货物数量×加权平均进价×退税率，其退税依据是外贸企业购进出口货物的进价。而生产企业自营（委托）出口应退的增值税是执行“免、抵、退”或“先征后退”，（不管是执行“免、抵、退”还是“先征后退”，从增值税角度来看，对企业来讲，最终结果是一致的），出口退税的税额取决于出口的离岸价销售收入及其进项税额。
在日常税收管理中，大部分企业采用自营出口或委托外贸出口，自行办理出口退税的形式，也有部分企业是把货物销售给外贸出口，由外贸企业办理出口退税的形式。这两种形式由于在退税方面采用不同的退税方式，由此也产生了不同的结果。例如:某中外合资企业，A公司以农产品为原材料生产工业品出口，1999年上半年自营出口11，700万元，可抵扣的进项税额为1，200万元，该公司自营出口执行先征后退，征税率为17%，退税率为9%，则上半年应纳增值税额为11，700×17%-1，200=789万元，出口环节应退增值税11，700×9%=1，053万元。征税机关可征增值税789万元，退税机关应退税1，053万元，退税扣减征税后该企业实际可得到的税收补贴为1，053-789=264万元。
若A公司有关联外贸B公司，A公司把产品以同样的价格销售给B公司，B公司再以同样的价格销售到境外，A公司开具增值税专用发票价税合计11，700万元，则A公司应纳增值税为10，000×17%-1，200=500万元，B公司可得到退税10，000×9%=900万元。税务机关征税500万元，退税机关退税900万元，A、B两公司实际可得到的税收补贴为900-500=400万元。
通过以上例子，我们不难发现，为什么同样的外销收入，却产生截然不同的结果。
一、从征税机关来看，前者A公司自营出口可征税789万元，后者却只能征税500万元，相差达到289万元。显然，企业自营出口有利于征税机关，因为多征的289万元可以作为税收任务收入，相对来讲有利于地方政府。
二、从退税机关来看，前者A公司自营出口可退税1，053万元，后者却只能退税900万元，相差达到153万元。显然，企业自营出口增大国家退税规模，增加出口退税压力。
三、从A、B两公司来看，自营出口实际得到的税收补贴是264万元，而通过外贸出口实际得到的税收补贴是400万元，两者相差达到136万元。显然，通过外贸出口对A、B公司更加划算。
产生以上原因在于以下几个方面:
一、从征税方面来看，产生征税差异是由于计税价格的不同造成的，即由于自营出口的计税价格是按离岸价全部收入计算，而产品销售外贸出口的计税价格是按不含税的收入计算应纳税额。从上面例子可以看出，前者计税价格是11，700万元，后者计税价格是1，000万元，相差1，700万元，必然产生1，700×17%=289万元的征税差额。
二、从退税方面来看，产生退税差异是由于退税的计算依据不同造成的，即由于前者是按出口的离岸价11，700万元计算出口退税，后者是按销售以给外贸的价格10，000万元计算出口退税，也即相差1，700万元，必然产生1，700×9%=153万元的退税差额。
三、征税率与退税率的不同，是造成出口企业实际得到税收补贴差异的根本原因。在征税率与退税率一致的情况下，企业实际得到的税收补贴数额将一样。如上例，在退税率提高到17%的情况下，前者应退税额为1，989万元，扣除征税789万元，实际得到的税收补贴是1，200万元。后者应退税款为1，700万元，扣除征税500万元，实际得到的税收补贴也是1，200万元。
针对以上问题，应从以下几个方面加以完善:
一、统一出口计税价格，对自营（委托）出口的离岸价视同含税收入，在计算征税与退税时换算成不含税收入，实现自营（委托）出口与销售给外贸出口计税价格的一致。
二、改变对生产企业自营（委托）出口的退税的计算方法。以执行“免、抵、退”税为例，应改由按进项金额乘征税率与退税率之差计算不予抵扣进项税额或不予退税额，因为现行自营出口退税的最致命弱点有二:一是在退税率远低于征税率的情况下，很容易产生征税大于退税的问题，即产生出口征税的问题，这从理论到实际都是很难让人理解，不利于支持企业出口创汇；二是由于出口价格的高低将直接影响出口退税或征税的多少，而外商投资企业制定出口价格的随意性，往往会由于外商随意压低出口价格，或生产企业与外贸企业勾结压低出口价格，造成出口多退税的情况，不利于维护税法的严肃性。在出现征税大于退税的情况下，企业不得不通过压低出口价格来达到少缴增值税的目的，一方面使得出口退税政策失效，另一方面使现行反避税的任务由所得税环节向流转税环节扩大，进一步加大了反避税的难度。
三、提高退税率，逐步缩小退税率与征税率之差。由此必须完善税收政策，加大征管力度，堵塞漏洞，努力提高税收管理水平，使实际税率不断接近名义税率，最终达到退税率等于征税率。